Йокосуканың тарихы теңізбен тығыз байланысты. XIX ғасырдың ортасына дейін бұл жерде тыныш балықшылар ауылы орналасқан болатын. Алайда оның Миура түбегіндегі, Токио шығанағына кіреберістегі стратегиялық орналасуы оның болашақ тағдырын айқындап берді. 1865-1866 жылдары Токугава сёгунатының мұнда батыс үлгісіндегі кемелерді жасау үшін заманауи әскери-теңіз арсеналын құру туралы шешімі тарихтағы бетбұрысты сәт болды.
Қаланың қалыптасуында оның географиялық жағдайы мен жаңғыртуға ұмтылған ел басшылығының саяси ерік-жігері шешуші рөл атқарды. Ауқымды жобаны жүзеге асыру үшін француз әскери-теңіз инженері Леонс Верни шақырылды, оның басшылығымен верф, құрғақ доктар мен ілеспе инфрақұрылым құрылысы басталды. Бұл жоба Жапонияны индустрияландыру жолындағы алғашқы және ең маңызды қадамдардың бірі болды. Мэйдзи реставрациясынан кейін жаңа үкімет верфті дамытуды жалғастырды және 1884 жылы мұнда елді қорғауға жауапты алғашқы әскери-теңіз ауданы құрылды.
Бастапқыда Йокосуканың экономикасы мен мәдениеті теңіз бен кеме жасауға бағытталды. Верф пен әскери-теңіз базасының қарқынды дамуы инженерлердің, жұмысшылар мен саудагерлердің ағылуы есебінен халық санының жедел өсуіне ықпал етті. Ертедегі Йокосука сол кездегі озық технологиялардың орталығына айналды, мұнда Жапониядағы алғашқы заманауи әскери кемелер салынды. Ресми түрде Йокосука қала мәртебесін 1907 жылғы 15 ақпанда алып, елдің маңызды теңіз және өнеркәсіп орталықтарының бірі ретіндегі беделін бекітті.