История современного Гунчжулина неразрывно связана с освоением северо-восточных территорий Китая. Официальный отсчет административного развития этих мест начался в 1877 году, когда был учрежден уезд Хуайдэ. Первоначально управленческий центр располагался в поселке Бацзяцзы, но само имя «Гунчжулин», что в переводе с китайского означает «Гора принцессы», уже тогда было значимым местным топонимом, овеянным старинными легендами.
Становление города проходило в условиях бурных политических перемен первой половины XX века. После Синьхайской революции 1913 года уезд вошел в состав провинции Фэнтянь. Географическое положение региона сделало его объектом интереса различных политических сил, что привело к периоду внешнего управления в 1930-х годах в рамках государства Маньчжоу-го, когда Гунчжулин стал частью провинции Гирин.
Важным историческим поворотом стал май 1945 года, когда административный центр уезда был официально перенесен в поселок Гунчжулин. После окончания Второй мировой войны город прошел через серию административных реформ, поочередно входя в состав провинций Ляобэй и Ляоси, пока в 1954 году окончательно не закрепился в границах провинции Гирин, начав свой путь как значимый промышленный и транспортный узел.