В отличие от большинства мировых столиц с многовековой историей, Нейпьидо — один из самых молодых и масштабных градостроительных проектов XXI века. Его история неразрывно связана с решением о переносе административного центра страны, что и определило его уникальный облик и стремительное развитие.
Город был построен практически «с нуля» на месте нескольких деревень, примерно в 320 километрах к северу от бывшей столицы, Янгона. Строительные работы начались в 2002–2003 годах в строгой секретности. Процесс переноса правительственных учреждений из Янгона начался 6 ноября 2005 года; по некоторым данным, этот день и время были выбраны с учётом астрологических прогнозов. Своё официальное имя, которое переводится как «Королевская страна» или «Обитель королей», город получил 27 марта 2006 года.
Решение о создании новой столицы было продиктовано комплексом стратегических соображений. Одним из главных факторов стала география — центральное расположение Нейпьидо обеспечивает более эффективный контроль над всей территорией страны. Кроме того, перенос административного центра был призван разгрузить перенаселённый Янгон и создать современную, хорошо спланированную городскую среду для работы госаппарата.
С самого начала Нейпьидо развивался не как традиционный город, а как гигантский административный центр, где ранние черты стали результатом единого плана, а не органического роста. Город известен своими многополосными автомагистралями, которые в первые годы казались пустынными, монументальными правительственными зданиями и чётким зонированием на жилые, правительственные, военные и отельные районы. Одним из первых знаковых сооружений стала пагода Уппатасанти, являющаяся почти точной копией знаменитой пагоды Шведагон в Янгоне. Экономическая жизнь на раннем этапе была полностью сосредоточена на обслуживании государственных нужд и строительстве, благодаря чему Нейпьидо стал единственным городом в стране, обеспеченным круглосуточным электроснабжением.