Манила тарихы еуропалықтар келгенге дейін көп уақыт бұрын басталады. Оның орнында аймақтағы маңызды сауда орталығы болған Майнила атты тагалдық қоныс-князьдік гүлденген. Атауы «май-нилад» сөздерінен шыққан деп есептеледі, бұл «нилад өсетін жер» дегенді білдіреді — Пасиг өзенінің жағасында көптеп өсетін мангр өсімдігінің түрі. Бұл қоныс Қытай мен басқа да азиялық мемлекеттердің көпестерімен белсенді сауда байланыстарын жүргізді.
Қазіргі қаланың негізін ресми түрде 1571 жылы 24 маусымда испан конкистадоры Мигель Лопес де Легаспи қалады. Испандықтар бұрынғы қонысты жаулап алып, қайта тұрғызып, оның орнына Испандық Ост-Индияның жаңа астанасын салды, ол олардың Азиядағы ықпалының тірегіне айналды.
Маниланың жедел өсуі мен өрлеуіне үш негізгі фактор ықпал етті:
- Географиялық орналасуы: Манила шығанағының табиғи айлағында және кеме жүзетін Пасиг өзенінің сағасында орналасуы қаланы идеалды порт және архипелагты бақылауға арналған стратегиялық нүктеге айналдырды.
- Сауда: 250 жыл бойы Манила Азия мен Мексикадағы Акапулько арасында қатынайтын манильдік галеондардың транстынық мұхиттық саудасының орталық торабы болды. Бұл бағыт Азияны Америкамен және Еуропамен байланыстырып, жібек пен дәмдеуіштер сияқты азиялық тауарларды Жаңа Дүниеден келген күміске айырбастауға мүмкіндік берді.
- Саяси билік: Колонияның астанасы бола отырып, Манила Испанияның аймақтағы басты әкімшілік, әскери және діни орталығына айналды. Қаланың жүрегі испан халқы мен үкіметтік мекемелерді қорғайтын Интрамурос («қабырға ішінде») атты қуатты тас форт болды.
Ертедегі Манила малай, қытай және испан мәдениеттері тоғысқан нағыз «араласу қазаны» болды. Испандықтар аралдарға католицизмді әкелді, ол тез арада үстем дінге және филиппиндік бірегейліктің негізгі бөлігіне айналды. Көптеген шіркеулер, монастырлар мен мектептер салынды, ал қаланың өзі 1611 жылы Санто-Томас университетінің негізі қалануымен Азияның маңызды білім беру орталығына айналды.
Қала экономикасы дерлік толығымен тиімді галеон саудасына негізделді, бұл бай көпестер табының қалыптасуына ықпал етті. Интрамурос қабырғаларының сыртында қызу сауда аудандары пайда болды, олардың ең танымалы — әлемдегі ең көне қытай кварталы Бинондо, ол әлі күнге дейін маңызды коммерциялық орталық болып қала береді.