Пуэрто-Мадрин тарихы 1865 жылғы 28 шілдеден бастау алады. Дәл осы күні Гольфо-Нуэво шығанағының суларына бортында 150-ден астам уэльстік иммигранттары бар әйгілі «Мимоза» клипері кірді. Қоныстанушылар Патагонияға өз діндерін еркін ұстануға, тілдері мен мәдени дәстүрлерін сақтауға болатын орын іздеп келген.
Қала Аргентинаға жасалған осы батыл экспедицияның басты идеологтары мен ұйымдастырушыларының бірі болған Уэльстегі Мадрин иелігінің бароны сэр Лав Джонс-Пэрридің (Love Jones-Parry) құрметіне аталған.
Түскеннен кейінгі алғашқы жылдары бұл жер негізінен транзиттік пункт ретінде пайдаланылды, өйткені тұщы су көздерінің болмауы колонистерді материктің ішкі бөлігіне, Чубут өзенінің аңғарына көшуге мәжбүр етті. Алайда географиялық және инфрақұрылымдық факторлар көп ұзамай уақытша тұрақты маңызды торапқа айналдырды:
- География: Гольфо-Нуэво шығанағының табиғи терең сулы айлағы теңіз кемелерін қабылдауға өте қолайлы болды.
- Теміржол: 1886 жылы басталған Чубут орталық теміржолының (Ferrocarril Central del Chubut) құрылысы қала дамуындағы шешуші сәт болды. Пуэрто-Мадрин аймақтың негізгі станциясы және теңіз қақпасы болды.
XIX ғасырдың соңында елді мекен экономикасы порт пен теміржол қатынасының айналасында құрылды. Қала аңғардағы уэльстік фермерлер өсіретін ауыл шаруашылығы өнімдерін, ең алдымен бидайды экспорттайтын хаб ретінде қызмет етті.
Ертедегі Пуэрто-Мадриннің мәдени келбеті дәстүрлердің бірегей қоспасы болды. Негізін уэльстіктер қалады, бірақ уақыт өте келе теміржол мен порттағы жұмысқа тартылған итальяндық, испандық және басқа да еуропалық иммигранттардың келуімен халық құрамы әртүрлі бола бастады.