История Гамильтона (на языке маори — Кирикирироа) уходит корнями в глубокое прошлое. Изначально на этих землях, вдоль берегов реки Уаикато, располагались поселения маори, привлекаемые плодородными почвами и доступом к воде. Современный город был официально основан в августе 1864 года, а свое европейское название он получил в честь капитана Джона Фейна Чарльза Гамильтона.
Превращение Гамильтона из небольшого поселения в крупный центр региона было обусловлено рядом стратегических преимуществ. Город расположен на берегах реки Уаикато — самой длинной реки Новой Зеландии, что обеспечивало не только водные ресурсы, но и важный транспортный путь в ранние годы. Окружающая равнина идеально подходила для земледелия и скотоводства, предопределив аграрное будущее края, а центральное расположение на Северном острове сделало город ключевым логистическим узлом.
В первые десятилетия экономика развивалась постепенно, опираясь преимущественно на сельское хозяйство. Особый расцвет начался с развитием молочного животноводства и появлением технологий охлаждения продуктов. Гамильтон формировался как торговый и сервисный центр для окрестных фермеров, а строительство железнодорожного моста через реку в конце XIX века дало мощный импульс торговле и окончательно закрепило за ним статус главного города региона.