История города Гомбе неразрывно связана со становлением одноимённого эмирата, который был важным политическим и культурным центром на северо-востоке современной Нигерии. Хотя сам эмират был основан ещё в 1804 году фуланийским лидером Бубой Йеро, современный город появился значительно позже. Изначально столицей был город Гомбе Аба («Старый Гомбе»), основанный примерно в 1824 году.
Ключевым моментом в истории современного Гомбе стал 1919 год, когда британская колониальная администрация приняла решение перенести столицу эмирата в новое место — поселение Дома, которое и было переименовано в Гомбе. Это событие предопределило его дальнейшее развитие как важного административного центра. Статус города ещё больше укрепился в 1996 году, когда он стал столицей новообразованного штата Гомбе.
Экономическому росту города способствовало его стратегическое расположение на пересечении торговых путей. Открытие железнодорожной ветки в 1963 году превратило Гомбе в крупный узел по сбору и отправке сельскохозяйственной продукции, такой как арахис и хлопок. Плодородные земли в бассейне реки Гонгола также благоприятствовали развитию сельского хозяйства, которое, наряду с торговлей и традиционными ремёслами, составляло основу местной экономики. Культурно город стал плавильным котлом для различных этнических групп, включая фулани, болева, тера и хауса.