История современного Кота-Кинабалу начинается в конце XIX века, хотя эти земли были под влиянием Брунейской империи еще с XV века. Изначально на этом месте располагалась рыбацкая деревня Апи-Апи. В 1899 году Британская компания Северного Борнео (BNBC), потеряв свою базу на острове Гая, основала здесь новый административный центр. Поселение было переименовано в Джесселтон в честь сэра Чарльза Джессела, вице-председателя компании.
Ключевую роль в становлении города сыграли несколько факторов. Во-первых, его стратегическое расположение: естественная глубоководная гавань была защищена от ветров и идеально подходила для порта. Во-вторых, близость к строящейся железной дороге Северного Борнео, которая соединила побережье с внутренними районами, способствовала развитию торговли. Под управлением британской компании Джесселтон быстро превратился в важный торговый узел.
С самого начала экономика города была ориентирована на экспорт. Джесселтон стал центром торговли каучуком, ротангом, медом и воском, которые доставлялись из внутренних областей острова. После Второй мировой войны, в ходе которой город был почти полностью разрушен, он был восстановлен и в 1946 году стал столицей британской коронной колонии Северное Борнео, сменив в этом статусе Сандакан. В 1968 году, уже в составе независимой Малайзии, Джесселтон был переименован в Кота-Кинабалу в честь величественной горы Кинабалу, расположенной неподалеку.