История города Наньтун тесно связана с его уникальным географическим положением в дельте реки Янцзы. Территория, на которой сегодня стоит город, сформировалась благодаря речным наносам, которые постепенно создали сушу из небольшого песчаного острова, существовавшего во времена империи Хань. Первые значимые поселения появились здесь в эпоху династии Тан (618–907 гг.), когда был основан посёлок Цзинхай, жители которого занимались выпариванием соли. Это положило начало экономической специализации региона.
Ключевым этапом в становлении города стало создание в 958 году военного округа, который вскоре был преобразован в область Тунчжоу. На протяжении веков статус и административные границы территории неоднократно менялись, отражая её растущее значение. Своё современное название — Наньтун — город получил в 1724 году. Его развитие определяли два главных фактора: выгодное расположение на северном берегу Янцзы, вблизи её впадения в Восточно-Китайское море, и торговля. Город стал важным портом и центром коммерции для сельскохозяйственного района, специализирующегося на рисе, хлопке и добыче соли.
Ранние экономические и культурные особенности Наньтуна во многом определили его дальнейшую судьбу. Изначально процветая за счёт соляного промысла, город со временем стал одним из крупнейших центров текстильной промышленности в Китае. Первая хлопчатобумажная фабрика была основана здесь ещё в 1895 году. В начале XX века, благодаря усилиям местного промышленника и мецената Чжан Цзяня, в Наньтуне был открыт первый в Китае публичный музей (1905 г.) и первый педагогический институт, что закрепило за городом репутацию культурного и образовательного центра.