В отличие от древних столиц Египта, Марса Алам не имеет тысячелетней истории как крупный мегаполис. Изначально это была небольшая и уединенная рыбацкая деревня на побережье Красного моря. Название города часто переводят как «Гавань флага» или «Гавань знака», где слово «Алам» означает высокий ориентир, например, гору, видимую с моря. Это указывает на его изначальную функцию как важной навигационной точки для моряков и рыбаков.
Развитие территории было обусловлено уникальным сочетанием географии и природных богатств. Окрестности Марса Алам исторически были центром горнодобывающей промышленности: еще во времена фараонов и римского владычества в Восточной пустыне велась активная добыча золота и изумрудов, а знаменитые «Копи Клеопатры» находятся совсем недалеко отсюда. Важнейшим фактором стала дорога, соединяющая побережье с городом Эдфу в долине Нила. Этот путь, проложенный еще Птолемеем II, служил ключевым маршрутом для караванов, перевозивших драгоценные ископаемые к реке, в то время как естественная гавань создавала благоприятные условия для стоянки судов.
До начала туристического бума в конце XX века уклад жизни здесь был традиционным и патриархальным. Основное население региона составляли представители бедуинских племен, в частности племени Абабда, которые сохраняли кочевой образ жизни, занимались разведением верблюдов и служили проводниками в пустыне. Экономика поселения долгое время держалась на прибрежном рыболовстве и работе на фосфатных шахтах, что делало Марса Алам скорее промышленным поселком, чем местом для отдыха, вплоть до открытия международного аэропорта и начала современной застройки.