История Можи-дас-Крузис неразрывно связана с эпохой бандейрантов — португальских исследователей и искателей приключений, осваивавших внутренние территории Бразилии. Город возник как перевалочный пункт на их пути из Сан-Паулу вглубь континента в поисках золота и драгоценных камней.
Основание и первые упоминания. Официально считается, что поселение было заложено около 1560 года экспедицией под предводительством Браза Кубаса, которая продвигалась вдоль реки Тиете в поисках золота. Однако статус «вилы» (небольшого города) под названием Vila de Sant'Anna de Mogi Mirim поселение получило 1 сентября 1611 года, и именно эта дата считается днем основания города. Название «Можи» происходит из языка индейцев тупи и означает «река змей», что было их названием для реки Тиете. Дополнение «дас-Крузис» («крестов») появилось позже из-за обычая устанавливать кресты для обозначения границ поселения.
Ключевые факторы становления. Развитию города способствовало несколько ключевых факторов: его стратегическое положение на важном пути, соединявшем Сан-Паулу с внутренними районами и побережьем, что делало его естественным местом для отдыха и пополнения запасов для экспедиций бандейрантов; экономическая деятельность, так как изначально это был центр снабжения, но со временем здесь начали развиваться сельское хозяйство и добыча полезных ископаемых; и административный рост, ведь получение статуса вилы в 1611 году дало поселению самоуправление, а в 1865 году Можи-дас-Крузис получил статус города.
Ранние культурные и экономические особенности. Ранняя культура города формировалась под влиянием португальских колонизаторов, католических миссионеров и коренного населения. Экономика долгое время была сосредоточена на обеспечении провизией проходивших экспедиций и на мелкомасштабной добыче золота. В последующие века, особенно в XX столетии, город стал важным сельскохозяйственным центром, известным как «зеленый пояс» Сан-Паулу, чему в значительной мере способствовала японская иммиграция.