История города Итакуакесетуба тесно связана с колониальным прошлым Бразилии и деятельностью иезуитских миссионеров. Поселение было основано между 1560 и 1563 годами иезуитами под руководством отца Жозе ди Аншиеты. Изначально это была одна из двенадцати деревень, созданных для евангелизации коренных народов, в частности, гуаянасов и тупи. 8 сентября 1560 года была заложена часовня в честь Богоматери Помощницы (Nossa Senhora d'Ajuda), что и считается датой основания.
Название города происходит из языка тупи: слово takwakisé-tube означает «место, где много бамбука, острого, как ножи». Это указывает на природные особенности местности, расположенной у реки Тиете, которая играла важную роль в жизни первых поселенцев. Несмотря на раннее основание, на протяжении веков поселение развивалось очень медленно и к началу XX века было почти заброшено.
Ключевым моментом в истории города стал 1958 год, когда Итакуакесетуба получила статус самостоятельного муниципалитета, отделившись от Можи-дас-Крузис. С этого времени, благодаря усилиям местных властей, начался активный процесс индустриализации. Географическая близость к мегаполису Сан-Паулу способствовала быстрому экономическому и демографическому росту, превратив бывшую деревню в крупный промышленный пригород.