История земель, на которых сегодня расположен Каноас, начинается задолго до его официального основания. Изначально эта территория была населена коренными народами тапес. Первые европейские поселенцы появились здесь в XVIII веке, когда конкистадор Франсиско Пинто Бандейра в 1733 году занял эти земли и основал крупное поместье (фазенду) Граватаи. Официально права на землю были закреплены за ним португальской короной в 1740 году. В последующие десятилетия большое поместье было разделено и распродано, что способствовало постепенному заселению региона.
Название города, которое в переводе с португальского означает «каноэ», имеет интересное происхождение. Во время строительства железной дороги в 1870-х годах рабочие использовали древесину большого местного дерева (тимбаува) для изготовления лодок-каноэ. Место, где это происходило, стало известно как Capão das Canoas («Роща каноэ»), и это название вскоре закрепилось за железнодорожной станцией, а затем и за всем поселением.
Рост и развитие Каноаса определили несколько ключевых факторов. Близость к Порту-Алегри, столице штата, изначально сделала эти земли привлекательными для загородных резиденций и ведения сельского хозяйства. Поворотным моментом в истории города стало строительство железнодорожной ветки, соединившей Порту-Алегри и Сан-Леополду. Открытие железнодорожной станции на территории Каноаса в 1874 году послужило мощным катализатором для урбанизации и притока новых жителей. Важную роль в получении статуса города сыграло создание здесь в 1937 году 3-го полка военной авиации, командование которого активно выступало за административную независимость. Официально муниципалитет Каноас был учрежден 27 июня 1939 года.
Изначально экономика региона была полностью аграрной и строилась вокруг крупных животноводческих хозяйств. С появлением железной дороги земля стала активно распродаваться под небольшие усадьбы и летние домики (шакары), что изменило социальный ландшафт. В начале XX века важную роль в культурной жизни сыграли братья-ласаллисты, которые в 1908 году основали в поселении школу, предлагавшую начальное и сельскохозяйственное образование. После получения статуса города, особенно после 1945 года, Каноас начал стремительно расти, превратившись из так называемого «города-спальни», жители которого работали в Порту-Алегри, в самостоятельный и экономически развитый промышленный центр.