История города Санту-Андре имеет две отправные точки, разделенные столетиями, но тесно связанные с освоением бразильских земель. Первое поселение, известное как Санту-Андре-да-Борда-ду-Кампу, было основано 8 апреля 1553 года португальским исследователем Жуаном Рамалью. Это было одно из первых европейских поселений в глубине континента, вдали от побережья. Его создание было стратегическим шагом для укрепления португальского влияния на плато и взаимодействия с коренными народами. Однако из-за трудностей с обеспечением безопасности и снабжением, в 1560 году поселение было покинуто, а его жители перебрались в район будущего Сан-Паулу.
Современный город Санту-Андре обязан своим появлением XIX веку и промышленному развитию региона. Ключевым фактором его становления стало строительство в 1860-х годах железной дороги Сан-Паулу (São Paulo Railway), соединившей порт Сантус с внутренними территориями штата. Вокруг железнодорожной станции начал формироваться новый населенный пункт, который изначально был частью муниципалитета Сан-Бернарду. Удобное географическое положение и транспортная доступность привлекли в регион промышленные предприятия и рабочую силу, в основном из числа европейских иммигрантов.
Экономика нового поселения быстро сконцентрировалась вокруг промышленности. В начале XX века здесь активно развивались металлургические, химические и текстильные производства. Это определило культурный облик города как важного индустриального центра. Официально муниципалитет Санту-Андре был образован в 1938 году, унаследовав имя от своего исторического предшественника XVI века. Сегодня Санту-Андре является неотъемлемой частью агломерации Большой Сан-Паулу и продолжает играть значительную роль в экономической жизни Бразилии.