Қазіргі Филиппин аумағында орналасқан Малабон қаласының тарихы XVI ғасырдың аяғынан бастау алады. Ол ресми түрде 1599 жылғы 21 мамырда тамыздық миссионерлермен Тондоның шағын қонысы (визита) ретінде негізделді. Бастапқыда бұл жер ауылдық тагаль тілінде «өнім сақтайтын қойма» дегенді білдіретін Тамбубонг атауын иеленді. Танымал аңыз бойынша, қазіргі «Малабон» атауы бір кездері бұл жерде көп болған бамбук өскіндеріне сілтеме жасайтын «maraming labong» («бамбук өскіндері көп») тіркесінен шыққан.
Малабонның қалыптасуының негізгі факторы оның стратегиялық географиялық орналасуы болды. Манила шығанағына жақындығы және қала арқылы өтетін өзен балық аулау мен сауданың дамуына ықпал етті, бұл көптеген жылдар бойы жергілікті экономиканың негізі болды. Қала тауарларды астанаға және одан тасымалдау үшін маңызды байланыстырушы буын болды. Оның рөлі XIX ғасырдың соңында 1851 жылы La Princesa Tabacalera темекі фабрикасы және 1878 жылы елде тазартылған қант өндірудің пионері болған Malabon Sugar Company сияқты ірі өнеркәсіптік кәсіпорындардың ашылуымен айтарлықтай өсті.
Алғашқы жылдардан бастап Малабон өзінің бірегей мәдени және экономикалық ерекшелігін қалыптастыра бастады. Өнеркәсіптен бөлек, қала өзінің аспаздық дәстүрлерімен, атап айтқанда, бүгінгі күнге дейін оның визит карточкасы болып табылатын атақты «Пансит Малабон» тағамымен танымал болды. Қаланың мәдени өмірінде La Independencia газеті басылған баспа үйі де із қалдырды. Тарихи тұрғыдан қала 1882 жылғы оба індетінен кейін жетім қалған балалар Asilo de Huérfanos баспанасынан пана тапқан жер ретінде де белгілі болды. Бұл факторлар жиынтығы Малабонның ерекше бейнесін қалыптастырды, ол шағын ауылдан астаналық аймақтың маңызды өнеркәсіптік және мәдени орталығына айналды.