Сан-Гонсалудың негізінің қалануы Бразилияны португалдық отарлау және Гуанабара шығанағының жағалауларын игеру дәуірімен тығыз байланысты. Алғашқы еуропалық қоныстанушылар бұл жерлерге XVII ғасырдың басында, оның құнарлылығы мен дамып келе жатқан жағалауға жақын стратегиялық тиімді орналасуына қызығып келе бастады.
Қаланың ресми туған күні 1644 жылғы 26 қазан болып есептеледі. Осы тарихи күні португалдық отарлаушы Гонсалу Гонсалвеш мұнда Әулие Гонсалу де Амаранте құрметіне капелла тұрғызды. Дәл осы оқиға болашақ мегаполистің аталуына себеп болып, тұрақты елді мекеннің қалыптасуына негіз қалады.
Қалыптасудың негізгі факторлары:
- Иезуиттердің рөлі: Капелла негізі қаланғаннан кейін көп ұзамай иезуиттер орденінің абыздары мұнда аймақтың мәдени және экономикалық орталығына айналған ауқымды ферма құрды.
- Географиялық артықшылық: 1763 жылы астанаға айналған Рио-де-Жанейроға жақындығы Сан-Гонсалуды маңызды транзиттік пунктке және жабдықтау базасына айналдырды.
- Аграрлық экономика: Ғасырлар бойы қала өмірі қант плантациялары мен ірі феодалдық шаруашылықтар — фазендалар төңірегінде болды.
Сан-Гонсалу дамуының ерте кезеңі отаршылдық жүйеге тән болды: қала XIX ғасырдың соңына дейін шағын елді мекен мәртебесін сақтай отырып, ірі орталықтардың аграрлық қосымшасы ретінде өсті. Тек 1890 жылғы 22 қыркүйекте ол көршілес Нитеройдан бөлініп, ресми түрде дербес муниципалитет мәртебесін алды.