Итабораи қаласының тарихы — бұл Бразилия шежіресіндегі қызықты беттердің бірі. Оның тамыры колониалдық дәуірге барып тіреледі, ол кезде құнарлы жерлер мен қолайлы орналасуы мұнда алғашқы қоныстанушыларды тартты. Біртіндеп шағын қоныс маңызды экономикалық орталыққа айналып, өзінен кейін бүгінгі күнде де сезілетін бай мұра қалдырды.
Қоныстың ресми негізі қаланған күні 1696 жыл болып саналады, ал 1833 жылға қарай ол толыққанды қала мәртебесін алды. XVIII және XIX ғасырлар Итабораи үшін гүлдену кезеңі болды. Қала қант қамысының ірі өндірушісіне айналды, ал оның басты артериясы қарбалас Порту-дас-Кайшас өзен порты болды. Дәл осы жерден ауыл шаруашылығы өнімдері өзендер арқылы Гуанабара шығанағына жіберіліп, аймақты астанамен және әлемдік нарықтармен байланыстырды.
XIX ғасырдың ортасында теміржолдың келуімен қала тарихында жаңа тарау басталды. Өзен тасымалы біртіндеп жаңа көлікке жол бергенімен, Итабораи таңқаларлық төзімділік көрсетті. Қала өз экономикасын сәтті қайта құрды және XX ғасырда өзінің кең цитрус плантацияларының арқасында «апельсиндер өлкесі» ретінде танымал болды. Кейінірек тағы бір маңызды сала — қыш бұйымдарын өндіру болды. Бұл бейімделу және дамудың жаңа жолдарын табу қабілеті Итабораи мінезінің негізгі ерекшелігі болып табылады.