Итайтуба қаласының тарихы Тапажос өзені бассейнінің игерілуімен тығыз байланысты. Ресми негізі қаланған күн 1856 жылғы 15 желтоқсан болып саналады, сол кезде шағын қоныс ресми мәртебеге ие болды. Қаланың атауы тупи байырғы халықтарының тілінен бастау алады: ол «itá» (тас) және «tyba» (көптік) сөздерінен шыққан, бұл «тасы көп жер» деп аударылады. Бұл атау қала жағалауындағы өзеннің тасты түбін дәл сипаттайды.
Итайтубаның Бразилия еліндегі маңызды елді мекен ретінде қалыптасуы бірнеше негізгі факторларға байланысты болды:
- Стратегиялық география: Тапажос өзенінің сол жағалауында орналасуы қаланы маңызды навигациялық торапқа айналдырды. Ол Амазонияның тереңдігіне бағытталған кемелер мен экспедициялар үшін табиғи аялдама болды.
- Сауда және ресурстар: Ерте кезеңде қоныстың экономикасы «орман есірткілеріне» (drogas do sertão) — дәмдеуіштерге, какаоға және емдік шөптерге, ал кейінірек каучук өндіруге негізделді, бұл мұнда саудагерлер мен авантюристерді қызықтырды.
- Мәдениеттердің өзара әрекеттесуі: Бастапқыда бұл аумақты үнді тайпалары, атап айтқанда мундурукулар мекендеген. Қоныс аударушылардың келуі еуропалық дәстүрлер байырғы халықтың өмір салтымен араласқан бірегей мәдени қоспаны тудырды.
Өз өмір сүруінің алғашқы онжылдықтарында Итайтуба шағын, бірақ маңызды сауда форпосты болып қалды. Мұндағы өмір толығымен сыртқы әлеммен байланысты қамтамасыз ететін және жергілікті тұрғындарды азық-түлікпен қамтамасыз ететін өзенге тәуелді болды.