В отличие от древних городов Узбекистана, история которых насчитывает тысячелетия, Фергана — город сравнительно молодой. Его появление напрямую связано с событиями XIX века, когда Ферганская долина вошла в состав Российской империи. Город был основан в 1876 году как новый военно-административный центр региона. Изначально он получил название Новый Маргилан, так как был заложен всего в 12 километрах от древнего города Маргилан. В 1907 году его переименовали в Скобелев, а своё нынешнее имя, Фергана, город получил в 1924 году.
Ключевым фактором становления Ферганы стало её стратегическое положение. Город был основан по решению военных властей для контроля над территорией бывшего Кокандского ханства. В отличие от традиционных среднеазиатских городов с их узкими и извилистыми улочками, Фергана строилась по европейскому образцу с чёткой радиально-кольцевой планировкой. Центральным элементом стала военная крепость, от которой, словно лучи, расходились широкие улицы. Особое внимание уделялось озеленению: были разбиты многочисленные парки и скверы, благодаря чему Фергана и сегодня считается одним из самых зелёных городов страны.
На раннем этапе экономика и культура города определялись его статусом административного и гарнизонного центра. Первыми значимыми постройками стали Дом губернатора, Военное собрание и другие казённые здания в европейском стиле. Экономическая жизнь была сосредоточена вокруг нужд администрации и военных. Постепенно, с развитием хлопководства и промышленности в плодородной Ферганской долине, город стал превращаться в важный индустриальный и культурный центр региона.