История Гебзе уходит корнями в глубокую античность, когда на стратегически важных землях современной Турции возникли первые укрепленные поселения. В древние времена город был известен под названиями Дакибиза и Либисса. Именно в Либиссе в 183 или 182 году до н. э. нашел свое последнее пристанище великий карфагенский полководец Ганнибал, выбравший смерть вместо римского плена.
Расположенный на побережье Мраморного моря, город служил естественным мостом между Константинополем (современным Стамбулом) и восточными регионами Малой Азии. Благодаря такому географическому положению, Гебзе веками развивался как важнейший транспортный узел и перевалочный пункт для торговых караванов и военных экспедиций.
Новый этап развития начался в эпоху Османской империи. Значительный культурный и экономический подъем произошел в 1523 году, когда по указу визиря Чобана Мустафы-паши здесь был возведен монументальный комплекс зданий, включавший мечеть, медресе и караван-сарай. Это строительство превратило город в процветающий центр ремесел и торговли, определив его облик на столетия вперед.