История основания Фэрхейвена в США восходит к середине XVII века. Первые английские поселенцы из Плимутской колонии обосновались на этих землях в 1659 году. Территория, первоначально называвшаяся «Cushnea», была официально приобретена у вождя племени вампаноагов Массасоита и его сына Вамсутты, став восточной частью обширного поселения Дартмут.
Ключевым фактором развития будущего города стало его уникальное географическое положение на берегу реки Акушнет. В 1740 году инвестор Элнатан Поуп продал участок земли площадью 20 акров Ноа Аллену и группе других предпринимателей. Это привело к созданию «Fair-Haven Village» — поселения из 40 участков, которое быстро начало расти как центр морской торговли и судостроения.
Ранняя экономика Фэрхейвена была неразрывно связана с морем. Уже во второй половине XVIII века поселение, известное тогда как Оксфорд, стало отправной точкой для первых китобойных экспедиций. Постепенно отделяясь от соседних территорий, Фэрхейвен окончательно оформился как самостоятельный город 20 февраля 1812 года. Его название, означающее «Прекрасная гавань», точно отражало удобство расположения порта, который вскоре стал вторым по значимости центром китобойного промысла в стране.