История Накалы тесно связана с колониальным периодом Мозамбика. Изначально это было небольшое поселение, которое начало активно развиваться во времена португальского правления благодаря своему уникальному географическому положению. Город в его современном понимании начал формироваться в 1960-х годах, когда началось активное развитие портовой инфраструктуры. Само название «Накала», как полагают, происходит из языка макуа, преобладающего в этой части страны.
Ключевым фактором становления города стала его естественная глубоководная гавань — самая глубокая на всём восточном побережье Африки. Это стратегическое преимущество предопределило его судьбу как важного морского порта. Развитию способствовало и строительство железнодорожной линии, соединившей порт с внутренними районами страны и соседней Малави, что превратило Накалу в ключевой транспортный и торговый узел для транзитных грузов.
С самого начала экономика Накалы была ориентирована на переработку и экспорт. В период своего становления город стал промышленным и сельскохозяйственным центром. Основными отраслями были производство цемента, переработка орехов кешью и сизаля — волокна, получаемого из агавы. Порт, промышленные предприятия и сфера обслуживания стали главными работодателями, заложив основу для дальнейшего роста и экономического значения города в регионе.