История Тумако, который часто называют «Жемчужиной Тихого океана», уходит корнями в глубокую древность. Задолго до прихода европейцев эти земли населяли представители уникальной культуры Тумако-Ла-Толита, процветавшей примерно с VI века до н.э. по II век н.э. Эта цивилизация оставила богатое наследие в виде искусных изделий из керамики и драгоценных металлов, которые до сих пор находят в регионе.
С основанием города связаны две ключевые даты. По одной из версий, первое поселение на этом месте было основано в 1570 году вождём коренного народа по имени Тумас, в честь которого, как считается, и был назван город. Официальным же годом основания считается 1640 год, когда город получил полное название — Сан-Андрес-де-Тумако.
Своим развитием город во многом обязан своему стратегическому географическому положению. Расположенный на острове в заливе на тихоокеанском побережье Колумбии, недалеко от границы с Эквадором, Тумако быстро превратился в важный морской порт. Это способствовало его становлению как ключевого торгового узла в регионе, через который осуществлялся экспорт ценных ресурсов.
В колониальный период и позднее экономика Тумако была тесно связана с экспортом. Отсюда вывозили такие товары, как каучук и кора хинного дерева. Впоследствии важными отраслями стали лесозаготовка и рыболовство. Культурный облик города сформировался под влиянием афроколумбийского населения — потомков людей, привезённых для работы на плантациях и в шахтах. Это наследие и сегодня ярко проявляется в местной музыке, кухне и традициях.