История города Самаринда неразрывно связана с переселением бугисов — этнической группы с острова Сулавеси. В результате войны Гова в 1660-х годах и подписания Бонгайского мирного договора часть бугисов была вынуждена искать новый дом. Султан княжества Кутай на восточном Калимантане разрешил им поселиться на его землях в обмен на лояльность и защиту. Официальной датой основания города считается 21 января 1668 года, когда первые переселенцы прибыли в этот регион.
Рост и развитие Самаринды определялись несколькими важными факторами. Во-первых, это её стратегическое расположение на берегах реки Махакам, которая является главной транспортной артерией, связывающей внутренние районы острова с побережьем Макассарского пролива. Это способствовало превращению поселения в важный торговый пункт. Во-вторых, плодородные земли и богатые природные ресурсы, включая древесину и позже уголь, стали основой экономики региона. Политическая поддержка со стороны султана Кутая обеспечила стабильность и безопасность для первых поселенцев.
Само название города, по одной из версий, происходит от фразы «сама ренда», что означает «равный по высоте». Это отражало устройство первых поселений, где все дома строились на плотах и имели одинаковую высоту как символ равенства. Ранняя экономика была сосредоточена на торговле продуктами сельского хозяйства и лесными ресурсами. Культура города формировалась как уникальное сочетание традиций коренных даякских народов, малайской культуры султаната Кутай и обычаев пришлых бугисов, что сделало Самаринду одним из колоритных центров Индонезии.