Город Паланкарая имеет уникальную и сравнительно недолгую историю, тесно связанную с амбициозным планом первого президента Индонезии, Сукарно. В отличие от многих древних городов, выросших из торговых поселений, Паланкарая был задуман и заложен с определённой целью — стать новой столицей страны. Строительство города началось в 1957 году на месте небольшой деревни Пахандут на берегу реки Кахайян. Само название «Паланкарая» происходит из языка местного народа даяков и означает «священное, великое место», что отражало большие надежды, возлагаемые на этот проект.
Ключевыми факторами становления города стали политическая воля и география. Идея президента Сукарно заключалась в переносе столицы из перенаселённой Джакарты в географический центр индонезийского архипелага — на остров Калимантан. Это решение было продиктовано стремлением к более сбалансированному развитию регионов и ослаблению доминирования острова Ява. Таким образом, Паланкарая изначально развивался не как торговый или промышленный узел, а как административный и политический центр будущего.
С самого начала Паланкарая развивался как хорошо спланированный город, что и сегодня отличает его от многих других городов Индонезии. Его первоначальная архитектура и инфраструктура проектировались с учётом столичного статуса. Ранняя экономика была основана на государственных инвестициях в строительство и освоении природных ресурсов окружающих тропических лесов. Культурно город формировался на стыке традиций коренного даякского населения и культуры переселенцев из других частей Индонезии, привлечённых для работы над столичным проектом. Хотя план по переносу столицы в то время не был полностью реализован, он заложил основу для развития Паланкараи как важного административного центра провинции Центральный Калимантан.