История города Кумамото неразрывно связана с историей самурайских кланов и ключевых событий в Японии. Хотя первые укрепления на этом месте появились еще в XV веке, современный город начал формироваться в начале XVII столетия. Ключевую роль в его основании сыграл даймё (феодальный правитель) Като Киёмаса, который в период с 1601 по 1607 год возвёл величественный Замок Кумамото. Эта мощная крепость стала ядром, вокруг которого вырос процветающий призамковый город, известный как «дзёкамати».
Становление Кумамото как важного регионального центра было обусловлено несколькими факторами. Во-первых, это политическая стабильность: после клана Като город перешёл под управление могущественного клана Хосокава, который правил регионом на протяжении почти всего периода Эдо (1632–1868). Во-вторых, географическое и стратегическое положение в центре острова Кюсю сделало его идеальным пунктом для контроля над островом и развития торговых путей. Сам замок был одним из самых неприступных в Японии благодаря уникальным изогнутым стенам «мусягаэси», что подтвердилось во время его знаменитой осады в 1877 году.
В период Эдо, под покровительством клана Хосокава, Кумамото превратился в значимый культурный и экономический центр. Правители активно поддерживали искусство и ремёсла, что способствовало культурному расцвету города. Именно в это время был создан один из самых знаменитых пейзажных садов Японии — Суйдзэндзи Дзёдзюэн. Экономика города основывалась на торговле и сельском хозяйстве, в частности, на выращивании риса, что обеспечивало его стабильное процветание.