История Ла-Сьота уходит корнями в глубокую древность, но как самостоятельная единица город сформировался в Средние века. Изначально эта территория служила морским портом для соседнего поселения Серест и была известна под античным названием Китариста. Официальным моментом рождения города принято считать 1429 год, когда в результате длительного спора за автономию Ла-Сьота отделилась от соседей и стала независимой коммуной.
Название города происходит от провансальского La Ciutat, что переводится просто как «Город», подчеркивая его возросший статус по сравнению с материковым поселением. Превращение небольшой гавани в процветающий центр было обусловлено уникальным географическим положением в глубине естественной бухты, защищенной от ветров мысом Эгль. Это создавало идеальные условия для стоянки судов и развития портовой инфраструктуры.
Религиозное покровительство также сыграло значительную роль в управлении и развитии земель: могущественное аббатство Сен-Виктор из Марселя способствовало организации торговли и строительству первых значимых сооружений. Благодаря удобному выходу к морю, город быстро стал важным пунктом для купеческих судов, курсирующих по Средиземноморью, что обеспечило стабильный приток капитала.
Экономика ранней Ла-Сьота была неразрывно связана с морем: основными занятиями жителей были рыболовство, добыча кораллов и каботажное плавание. Уже в XVI веке здесь начали закладываться основы судостроения, которые впоследствии принесут городу мировую известность. Культурный облик формировался под влиянием провансальских традиций, город активно застраивался крепостными стенами для защиты от пиратов, а новые церкви и часовни становились центрами общественной жизни.