История Парафия Элой Альфаро, Гуаякиль неразрывно связана с индустриальным развитием Эквадора и ростом его крупнейшего портового города Гуаякиля. Поселение на восточном берегу реки Гуаяс, напротив Гуаякиля, начало активно формироваться с 1890-х годов. Официально статус сельского прихода (parroquia rural) кантона Гуаякиль эта территория получила 16 октября 1902 года. Своё название она получила в честь генерала Элоя Альфаро, президента страны и инициатора Либеральной революции 1895 года.
Ключевым фактором становления и развития поселения стало строительство Трансандской железной дороги, соединявшей Гуаякиль со столицей Кито. Именно здесь, на восточном берегу, была основана главная железнодорожная станция. Важную роль сыграл и землевладелец Хосе Дуран Маристани, который пожертвовал земли для прокладки путей, из-за чего местность также стала известна как Дуран. Таким образом, географическое положение напротив главного порта страны и превращение в ключевой транспортный узел определили судьбу этого района на десятилетия вперёд.
В первые годы своего существования Элой Альфаро (Дуран) развивался как важный речной порт и железнодорожный городок, население которого в основном состояло из работников стальной магистрали. Территория служила аграрным и животноводческим пригородом Гуаякиля, но со временем её экономический профиль изменился. В XX веке, особенно во второй его половине, здесь начался активный рост промышленности, и бывший пригород превратился в самостоятельный индустриальный и коммерческий центр, который сегодня является одним из крупнейших городов провинции Гуаяс.