История города Шубра-Эль-Хейма началась с небольшого поселения на плодородных берегах Нила. Само его название хранит память о многовековом прошлом: слово «Шубра» уходит корнями в коптский язык и означает «деревня» или «хутор», а вторая часть названия, «Эль-Хейма», переводится с арабского как «шатер». До начала XIX века это место в Египте было известно лишь как тихий сельскохозяйственный уголок к северу от столицы.
Коренной перелом в судьбе поселения произошел в 1808 году, когда правитель Мухаммед Али-паша, стремясь создать уютную загородную резиденцию вдали от каирского шума, выбрал этот живописный район для строительства своего дворца. К 1821 году возведение комплекса было завершено. Это событие превратило скромный хутор в престижный административный и культурный пригород, притягивающий к себе чиновников и знать.
Становлению города способствовало удачное географическое положение и политическая воля правителя. Постепенная трансформация из аграрного поселения в пригородный центр сопровождалась внедрением новых для того времени технологий и архитектурных решений. Официальное признание поселения как города в ряде источников датируется 1832 годом, что ознаменовало начало его долгого пути к статусу одного из крупнейших промышленных центров страны.