История города Папагаюс неразрывно связана с освоением недр штата Минас-Жерайс в Бразилии. Название города в переводе с португальского означает «Попугаи», что отсылает к богатой фауне этих мест: первые поселенцы были поражены огромным количеством этих птиц в лесах Мата-ду-Макуку.
Первые упоминания о постоянных поселениях на этой территории относятся к концу XVIII и началу XIX века. Изначально это были небольшие фермерские хозяйства, возникшие на пути следования золотоискателей и торговцев скотом. Удобное географическое положение между важными колониальными центрами способствовало постепенному превращению временных стоянок в постоянное поселение.
Ключевым фактором становления Папагаюса стало сочетание плодородных земель и богатых залежей природного камня. Долгое время поселение находилось под юрисдикцией соседнего города Питанги, выполняя роль сельскохозяйственного придатка, но со временем экономический потенциал региона позволил ему претендовать на автономию.