История Сете-Лагоас начинается на заре XVIII века, во времена золотой лихорадки в Бразилии. Своё название, которое переводится как «Семь озёр», местность получила благодаря живописной цепи из семи лагун, ставших её главной географической особенностью. Основателем поселения считается исследователь-бандейрант из Сан-Паулу Жоан Лейте да Силва Ортис, который прибыл в этот регион около 1700 года. В 1711 году он получил официальный земельный надел, положивший начало будущему городу.
Становление Сете-Лагоас определило несколько ключевых факторов. Расположение в богатом ресурсами штате Минас-Жерайс и наличие системы озёр способствовали раннему развитию сельского хозяйства. Изначально регион был частью маршрутов золотоискателей, но позже, как и многие поселения в штате, сосредоточился на аграрном секторе и животноводстве. Новый толчок росту города в XIX-XX веках дало строительство железных дорог и промышленных предприятий.
На раннем этапе Сете-Лагоас представлял собой крупное поместье, ориентированное на самообеспечение и поддержку экспедиций. Первыми поселенцами были искатели приключений и переселенцы из Сан-Паулу, осваивавшие внутренние районы страны. Культура формировалась под влиянием традиций этих предприимчивых и независимых людей. Постепенно, с ростом населения и развитием транспортных связей, поселение превратилось в важный региональный центр.