История Мараканау тесно связана с его более крупным соседом, муниципалитетом Марангуапе, частью которого он долгое время являлся. Название города происходит из языка тупи и означает «река, где пьют мараканы» (вид попугаев), что отражает природные особенности региона в прошлом. Первые поселения на этой территории возникли благодаря развитию сельского хозяйства и близости к столице штата, Форталезе.
Решающим толчком в развитии Мараканау стало создание в 1960-х годах Промышленного района Форталезы (Distrito Industrial de Fortaleza) именно на его территории. Это привлекло в регион значительные инвестиции и рабочую силу. Географическая близость к столице штата и наличие транспортных путей, включая железную дорогу, способствовали быстрому экономическому росту. В результате бурного промышленного и демографического развития, 6 марта 1983 года Мараканау был официально выделен в самостоятельный муниципалитет.
С самого начала экономика Мараканау была ориентирована на промышленность. Сегодня это один из важнейших индустриальных центров штата Сеара. Быстрая урбанизация и приток мигрантов со всего региона сформировали современный культурный облик города. Несмотря на свою молодость как независимого муниципалитета, Мараканау унаследовал культурные традиции региона, которые проявляются в местной кухне, праздниках и ремеслах.