История города Каукая уходит корнями в доколониальную эпоху, когда эти плодородные земли на побережье современной Бразилии населяли коренные народы, в частности племя Тапеба. Название города происходит из языка тупи и, по одной из версий, означает «группа лесов» или «лесистая местность», что отражало первозданную природу региона до прихода европейцев.
Официальная летопись поселения началась в середине XVIII века, когда на эти земли прибыли монахи-иезуиты. В 1741 году была основана миссия Альдея-дус-Тапеба (Aldeia dos Tapeba), целью которой была христианизация местных индейцев. Позднее, в 1759 году, после изгнания иезуитов из страны, поселение получило статус деревни и было переименовано в Соуре (Soure) в честь португальского города. Однако историческое название «Каукая» продолжало жить в народе и было официально возвращено городу лишь в 1943 году.
Ключевыми факторами становления города стали его выгодное географическое положение вблизи Атлантического океана и плодородие местных почв. Основу ранней экономики составляли скотоводство и сельское хозяйство, а близость к Форталезе обеспечивала необходимые торговые связи. Со временем Каукая превратилась из скромного миссионерского пункта в значимый административный и культурный центр штата Сеара.