История Бертиоги неразрывно связана с началом португальской колонизации Бразилии. Фактическим основанием считается строительство первых укреплений в 1531–1532 годах по приказу Мартина Афонсу де Соузы. Это делает Бертиогу одним из старейших поселений страны. Центральным элементом основания стал форт Сан-Жуан (изначально форт Сан-Тьяго), который признан первой постоянной фортификацией в Бразилии, возведенной для защиты прибрежных территорий.
- Стратегическая география: Город расположен у входа в канал Бертиога, который служил важным водным путем к первому колониальному центру — Сан-Висенте. Контроль над этим проливом был жизненно необходим.
- Военная оборона: Бертиога возникла как военный форпост. Её главной задачей была защита побережья от нападений коренной конфедерации Тамойос и французских корсаров, пытавшихся закрепиться в регионе.
- Политическая роль: Долгое время поселение оставалось зависимым от Сантуса, выполняя функции «стража» побережья, что определило его сугубо военизированный характер развития на столетия вперед.
В ранний период экономика Бертиоги базировалась на обеспечении гарнизона и рыболовстве. Позже, в XVIII веке, важной отраслью стал китобойный промысел (Armação das Baleias), для переработки которого была создана специальная инфраструктура. Культурная история места отмечена драматичным взаимодействием европейцев и индейцев тупинамба: именно здесь в XVI веке произошли события, описанные в знаменитых мемуарах немецкого наемника Ханса Штадена, который был пленен местными племенами.