Малкаджгири тарихы терең өткенге тамыр жаяды. Бастапқыда бұл жергілікті төбеде орналасқан ежелгі Малликарджуна Свами храмына байланысты Малликарджуна Гири деген атпен белгілі болған. Уақыт өте келе бұл атау қазіргі Малкаджгири болып өзгерді. Елді мекеннің негізі қаланған нақты күн белгісіз болса да, аймақ ғасырлар бойы Сатавахандар, Чалукьялар, Какатиялар және Кутб-шахтар сияқты түрлі оңтүстік үнді әулеттерінің қол астында болып, мәдени мұрасында із қалдырды. Ескі Малкаджгири ауданында әлі күнге дейін оның ерте тарихынан сыр шертетін ежелгі форттың қирандыларын табуға болады.
Малкаджгири дамуының негізгі факторы оның Хайдарабадқа географиялық жақындығы болды. Бірте-бірте ол шағын ауылдан (грам панчаят) ірі және тығыз қоныстанған қала маңына айналды. Бұл өсу әкімшілік өзгерістермен ресми түрде бекітілді: 1965 жылы Малкаджгири муниципалитет мәртебесін алды, 1985 жылы — муниципалды корпорация, ал 2007 жылы түпкілікті түрде Хайдарабадтың Үлкен муниципалды корпорациясының (GHMC) құрамына енді. Низамдар билігі дәуірінде теміржол станциясының салынуы оның сауда және көлік торабы ретінде қалыптасуында маңызды рөл атқарды.
Мәдени тұрғыдан алғанда, Малкаджгири басынан бастап маңызды діни орталық болған, бұған ежелгі храмдардың болуы дәлел. Қалаға атау берген храмнан бөлек, мұнда жасы 500 жылдан асатын Шри Лакшми Нарасимха Свами храмы орналасқан. Экономикалық тұрғыдан, әсіресе Низамдар билігі кезінде, Малкаджгири тоқыма және қолөнер бұйымдарына маманданған сауда орталығы ретінде танымал болды. Алғашында жергілікті экономиканың негізін ауыл шаруашылығы да құрады, бұған Сафилгуда және Рамакришнапурам сияқты бірнеше көлдер мен тоғандардың болуы ықпал етті.