Горакхпур тарихы терең өткен замандардан бастау алады, ал оның атауы Үндістанның рухани дәстүрлерімен тығыз байланысты. Қала ортағасырлық әулие, хатха-йоганың негізін қалаушы және танымал етуші болып саналатын гуру Горакхнатхтың құрметіне аталған. Аңыздар бойынша, ол шамамен XII ғасырда осы жерде медитация жасаған, ал оған арналған Горакхнатх Матх ғибадатханасы бүгінде қаланың басты рухани орталығы болып табылады. Алайда аймақ туралы алғашқы мәліметтер одан да ертерек кезеңге жатады: б.з.д. VI ғасырда бұл аумақ қуатты Кошала және Малла патшалықтарының құрамына кірген. Сондай-ақ бұл жер буддистер мен джайндар үшін қасиетті мәнге ие: осы жерге жақын маңда Гаутама Будда дүниеуи өмірден бас тартқан, сондай-ақ джайнизмдегі 24-ші тиртханкара Махавира дүниеге келген деп есептеледі.
Горакхпурдың қалыптасуы бірнеше негізгі факторлармен анықталды. Біріншіден, оның Рапти өзенінің жағасындағы және Непал шекарасына жақын орналасқан стратегиялық географиялық орны оны маңызды транзиттік пунктке айналдырды. Бұл қаланың сауда торабы және буддизм үшін маңызды орындарды — Кушинагарды (Будданың дүниеден өткен жері) және Лумбиниді (оның туған жері) байланыстыратын қажылық жолындағы ауысу пункті ретінде дамуына ықпал етті. Екіншіден, ғасырлар бойы аймақ Мауриялар, Гупталар және Харша империяларын қоса алғанда, ірі саяси күштердің билігінде болды, бұл оның тұрақты дамуына септігін тигізді. Үшіншіден, қала әрқашан қажыларды тартатын орталық болды, бұл оның ерекше мәдени және экономикалық ортасын қалыптастырды.
Горакхпурдың ертедегі мәдени және экономикалық ерекшеліктері тығыз байланысқан. Оның йогамен, буддизммен және джайнизммен байланысты рухани орталық мәртебесі ғалымдарды, аскеттерді және осы ілімдердің ізбасарларын тартты. Бұл мәдени алмасуға ғана емес, сонымен бірге көптеген қажыларға қызмет көрсетуге бағытталған экономиканың дамуына да ықпал етті. Сауда, сірә, алғашқы қажеттіліктегі тауарларға, діни атрибутикаға және қолөнер бұйымдарына шоғырланған болуы мүмкін. Сауда және қажылық маршруттарының қиылысында орналасуының арқасында қала ерте кезден-ақ әртүрлі мәдениеттер мен дәстүрлер тоғысқан қыз-қыз қайнаған орталыққа айналды.