Өзбекстанның тарихы мыңдаған жылдарды қамтитын көне қалаларынан айырмашылығы, Ферғана — салыстырмалы түрде жас қала. Оның пайда болуы тікелей XIX ғасырдағы оқиғалармен, Ферғана алқабы Ресей империясының құрамына енген кезбен байланысты. Қала 1876 жылы аймақтың жаңа әскери-әкімшілік орталығы ретінде негізделген. Бастапқыда ол көне Марғилан қаласынан небәрі 12 шақырым жерде орналасқандықтан Жаңа Марғилан атауын алды. 1907 жылы оның атауы Скобелев болып өзгертілді, ал өзінің қазіргі Ферғана атауын қала 1924 жылы алды.
Ферғананың қалыптасуының негізгі факторы оның стратегиялық орналасуы болды. Қала әскери биліктің шешімімен бұрынғы Қоқан хандығының аумағын бақылау үшін негізделген. Орта Азияның тар және ирек көшелері бар дәстүрлі қалаларынан айырмашылығы, Ферғана нақты радиалды-сақиналы жоспар бойынша еуропалық үлгіде салынды. Орталық элемент әскери бекініс болды, одан сәулелер сияқты кең көшелер таралды. Көгалдандыруға ерекше көңіл бөлінді: көптеген саябақтар мен скверлер ашылды, соның арқасында Ферғана бүгінгі күнге дейін елдегі ең жасыл қалалардың бірі болып саналады.
Алғашқы кезеңде қаланың экономикасы мен мәдениеті оның әкімшілік және гарнизондық орталық мәртебесімен анықталды. Губернатор үйі, Әскери жиналыс және еуропалық стильдегі басқа да мемлекеттік ғимараттар алғашқы маңызды құрылыстар болды. Экономикалық өмір әкімшілік пен әскерилердің қажеттіліктеріне бағытталды. Біртіндеп құнарлы Ферғана алқабында мақта шаруашылығы мен өнеркәсіптің дамуымен қала аймақтың маңызды индустриялық және мәдени орталығына айнала бастады.