Манагуа тарихы — бұл көне үндіс қонысынан бастап Никарагуаның заманауи саяси және экономикалық орталығына дейінгі қызықты жол. Көптеген колониялық астаналардан айырмашылығы, қала бұл мәртебеге жаулап алу нәтижесінде емес, саяси ымыраның арқасында ие болды. Бұл факт оның ел өміріндегі ерекше рөлін мәңгілікке айқындап, оны бірліктің символына айналдырды.
Еуропалықтар келгенге дейін Манагуаның қазіргі аумағында халық тығыз қоныстанған болатын. Сол дәуірдің бірегей айғағы «Акауалинка іздері» (Huellas de Acahualinca) археологиялық ескерткіші болып табылады. Мұнда қатып қалған жанартау күлінде 3000 жылдан астам уақыт бұрын қалған адамдар мен жануарлардың аяқ іздері сақталған. «Манагуа» атауының өзі науатль тілінен шыққан және бір нұсқа бойынша «сумен қоршалған жер» дегенді білдіреді, бұл оның Ксолотлан көлінің жағасында орналасуын дәл сипаттайды.
XVI ғасырда испандықтар келгеннен кейін үндіс ауылының орнында қоныс негізделді, бірақ ол ғасырлар бойы қарапайым балықшылар ауылы болып қала берді. Оның мәртебесі тек XIX ғасырда өзгере бастады: 1819 жылы Манагуа ресми түрде кент (villa) ретінде танылды, ал 1846 жылы — қала мәртебесін алды. Бұл оның болашақ өркендеуіне негіз қалады.
Манагуа тарихындағы басты сәт оның астанаға айналуы болды. XIX ғасырдың ортасында Никарагуа екі ірі қала арасындағы қатты бәсекелестіктен зардап шекті: либералдар орталығы Леон және консерваторлардың тірегі Гранада. Астана мәртебесі үшін күресті тоқтату мақсатында 1852 жылы астананы географиялық тұрғыдан бейтарап Манагуаға көшіру туралы ымыралы шешім қабылданды. Бұл мәртебе 1858 жылы қалаға түпкілікті бекітілді.
Астаналық функцияларды иеленгеннен кейін Манагуа жедел дами бастады. Қала елдің басты әкімшілік, саяси және сауда торабына айналды. Үкімет ғимараттарының құрылысы басталды, алғашқы өнеркәсіп орындары пайда болды, ал бұрын балық аулау мен ауыл шаруашылығына негізделген экономика әртараптандырыла бастады. Манагуа бүкіл ел тұрғындары үшін тартылыс орталығына айналып, Никарагуаның мәдени және экономикалық қозғалтқышы рөлінде біртіндеп бекіді.