Гомбе қаласының тарихы қазіргі Нигерияның солтүстік-шығысындағы маңызды саяси және мәдени орталық болған аттас әмірліктің қалыптасуымен тығыз байланысты. Әмірліктің өзі 1804 жылы фулани көшбасшысы Буба Йеро тарапынан құрылғанымен, қазіргі қала әлдеқайда кейін пайда болды. Бастапқыда шамамен 1824 жылы негізі қаланған Гомбе Аба («Ескі Гомбе») қаласы астана болған.
Қазіргі Гомбе тарихындағы негізгі сәт 1919 жыл болды, ол кезде британдық отаршылдық әкімшілік әмірлік астанасын жаңа орынға — Дома қонысына көшіру туралы шешім қабылдады, ол кейін Гомбе деп өзгертілді. Бұл оқиға оның маңызды әкімшілік орталық ретінде одан әрі дамуын алдын ала анықтады. Қала мәртебесі 1996 жылы жаңадан құрылған Гомбе штатының астанасы болған кезде одан әрі нығая түсті.
Қаланың экономикалық өсуіне оның сауда жолдарының қиылысындағы стратегиялық орналасуы ықпал етті. 1963 жылы теміржол желісінің ашылуы Гомбені арахис пен мақта сияқты ауыл шаруашылығы өнімдерін жинау және жөнелту бойынша ірі торапқа айналдырды. Гонгола өзенінің бассейніндегі құнарлы жерлер де сауда және дәстүрлі қолөнермен қатар жергілікті экономиканың негізін құрайтын ауыл шаруашылығының дамуына жағдай жасады. Мәдени тұрғыдан қала фулани, болева, тера және хауса сияқты әртүрлі этникалық топтардың тоғысқан жеріне айналды.