Әлемдегі көптеген ғасырлық тарихы бар астаналарға қарағанда, Нейпьидо — XXI ғасырдың ең жас және ауқымды қала құрылысы жобаларының бірі. Оның тарихы елдің әкімшілік орталығын көшіру туралы шешіммен тығыз байланысты, бұл оның бірегей келбеті мен қарқынды дамуын айқындады.
Қала бұрынғы астана Янгоннан солтүстікке қарай шамамен 320 шақырым жерде, бірнеше ауылдың орнында «нөлден» дерлік салынды. Құрылыс жұмыстары 2002–2003 жылдары қатаң құпиялылықта басталды. Үкімет мекемелерін Янгоннан көшіру процесі 2005 жылғы 6 қарашада басталды; кейбір мәліметтер бойынша, бұл күн мен уақыт астрологиялық болжамдарды ескере отырып таңдалған. Қала өзінің ресми атауын, «Патшалар елі» немесе «Патшалар мекені» деп аударылады, 2006 жылғы 27 наурызда алды.
Жаңа астана құру туралы шешім стратегиялық ой-пікірлер кешенінен туындады. Негізгі факторлардың бірі география болды — Нейпьидоның орталықта орналасуы бүкіл ел аумағын тиімдірек бақылауды қамтамасыз етеді. Сонымен қатар, әкімшілік орталықты көшіру халық тығыз орналасқан Янгонды жеңілдетуге және мемлекеттік аппараттың жұмысы үшін заманауи, жақсы жоспарланған қалалық орта құруға бағытталған болатын.
Бастапқыдан-ақ Нейпьидо дәстүрлі қала ретінде емес, алғашқы белгілері органикалық өсудің емес, бірыңғай жоспардың нәтижесі болған алып әкімшілік орталық ретінде дамыды. Қала алғашқы жылдары бос болып көрінген көп жолақты автомагистральдарымен, монументалды үкімет ғимараттарымен және тұрғын үй, үкіметтік, әскери және қонақ үй аудандарына нақты бөлінуімен танымал. Алғашқы айшықты құрылыстардың бірі Янгондағы әйгілі Шведагон пагодасының дерлік дәл көшірмесі болып табылатын Уппатасанти пагодасы болды. Бастапқы кезеңдегі экономикалық өмір толығымен мемлекеттік қажеттіліктерді өтеуге және құрылысқа бағытталды, соның арқасында Нейпьидо елдегі тәулік бойы электрмен қамтамасыз етілген жалғыз қалаға айналды.