Хпа-Ан тарихы өте көне заманнан бастау алады, өйткені бұл аймақты адамдар мыңдаған жылдар бойы мекендеген. Тарихи деректерге сүйенсек, қаланы VII ғасырда мондар негіздеген және ол тез арада маңызды мәдени және сауда орталығына айналған. Қаланың атауы, аңыздардың біріне сәйкес, айдаһар мен бақа-патшаның шайқасы туралы мифпен байланысты «бақаның шығуы» деп аударылады. Бұл мифтік жаратылыстардың мүсіндері бүгінгі күнде де Шве Йин Мьо пагодасын безендіріп тұр.
Хпа-Анның қарқынды дамуына бірнеше негізгі факторлар ықпал етті. Оның Танлвин (Салуин) өзенінің жағасындағы географиялық орналасуы маңызды рөл атқарды, бұл қаланы өзен саудасы мен көлік қатынасы үшін қолайлы пунктке айналдырды. Кейіннен сауда Тайландпен шекараға жақындығы және жол желісінің дамуы арқасында бұдан да маңызды бола түсті. Соңында, Мьянма тәуелсіздік алғаннан кейін Хпа-Ан Кайин (Карен) штатының астанасы болған кезде оның саяси мәртебесі нығайды, бұл әкімшілік және әлеуметтік өсуге серпін берді.
Негізі қаланған сәттен бастап Хпа-Ан тек сауда орталығы ғана емес, сонымен бірге маңызды рухани орталық болды. Қаланы қоршап тұрған Саддан және Кавгун сияқты карст таулары мен үңгірлер ежелгі заманнан бері діни жоралар өткізілетін орын болған. Олардың кейбіреулерінде VII ғасырға жататын қабырғадағы барельефтер мен мыңдаған саздан жасалған Будда бейнелері әлі күнге дейін сақталған. Өзінің көпғасырлық тарихында қала мон, бирман, ал отаршылдық кезеңде британ мәдениетінің ықпалын сезінді. Бүгінде Хпа-Ан карен мәдениетінің орталығы ретінде белгілі, бұл жергілікті дәстүрлерден, қолөнерден және асханадан көрініс табады, ал оның базарлары қызған саудасымен танымал.