Коацакоалькос қаласының тарихы еуропалықтар келгенге дейінгі терең көне заманнан бастау алады. Мексиканың оңтүстігіндегі бұл аймақ шамамен б.з.д. 1500-400 жылдар аралығында гүлденген ольмектер өркениетінің бесіктерінің бірі болып саналады. «Коацакоалькос» атауының өзі науатль тілінен шыққан және «жылан тығылатын жер» деп аударылады. Аңыз бойынша, дәл осы жерде ұлы құдай Кетцалькоатль бір күні оралуға уәде беріп, жыландардан жасалған салмен жүзіп кеткен.
Елді мекеннің қалыптасуы мен дамуындағы негізгі фактор әрқашан оның стратегиялық географиялық орналасуы болды. Мексика шығанағына құятын суы мол Коацакоалькос өзенінің сағасында орналасқан қала тарихи тұрғыдан маңызды көлік және сауда торабы болды. Өзен Теуантепек мойнағының жағалаудағы және ішкі аудандары арасындағы сауда үшін қолайлы жол болды. Бұл ерекшелік испандықтар жаулап алғаннан кейін де назардан тыс қалмады.
Қаланың қазіргі тарихы 1522 жылы, Эрнан Кортестің бұйрығымен оның серігі Гонсало де Сандоваль жағалаудағы алғашқы испан елді мекендерінің бірі — Вилья-дель-Эспириту-Сантоның негізін қалаған кезден басталады. Ғасырлар бойы порт аймақтық саудада маңызды рөл атқарды. 1900 жылы ол Пуэрто-Мехико деп өзгертілді, ал 1936 жылы оған тарихи Коацакоалькос атауы қайтарылды. Алғашқы экономика саудаға негізделген болатын, бірақ XX ғасырдан бастап негізгі сала мұнай-химия өнеркәсібіне айналды, бұл қаланың қазіргі индустриялық келбетін айқындады.