Бүгінде Мбандака деген атпен белгілі қаланың Конго өзенінің бассейнін зерттеумен тығыз байланысты бай тарихы бар. Оның 1883 жылы негізі қалануы әйгілі зерттеуші сэр Генри Мортон Стэнлиге тиесілі. Бастапқыда елді мекен Экуатервиль (Équateurville) деп аталды, бұл таңқаларлық емес, өйткені ол экватордан небәрі бірнеше шақырым жерде орналасқан болатын.
Бар болғаны үш жылдан кейін, 1886 жылы бельгиялық отаршылдық билік қала атауын Кокийявиль (Coquilhatville) деп өзгертті. Ол бұл атауды ондаған жылдар бойы, 1966 жылға дейін иеленіп келді. Ел тәуелсіздік алғаннан кейін үкімет қалаға оның қазіргі африкалық есімін — Мбандаканы берді. Өз тарихы бойында қала Экваторлық провинциясының орталығына айналып, маңызды әкімшілік рөл атқарды.
Мбандака өз дамуы үшін көбінесе стратегиялық географиялық орналасуына қарыздар. Қуатты Конго өзенінің шығыс жағалауында, оған Руки саласы құятын жерде орналасқан ол табиғи түрде маңызды өзен портына айналды. Бұл су торабы астана Киншасамен және елдің басқа аймақтарымен байланысты қамтамасыз етті. Бастапқыда оны тіпті Конго Еркін мемлекетінің астанасы ету туралы өршіл жоспарлар болған, бірақ олар ешқашан жүзеге асырылмады. Соған қарамастан, отаршылдық кезеңде, әсіресе 1930-жылдары, бельгиялық әкімшілік фабрикалар мен инфрақұрылым нысандарын салып, қала экономикасын белсенді дамытты.
Өзінің алғашқы кезеңінде қала аймақтағы еуропалық ықпалдың орталығына айналды. Мұнда әкімшілік ғимараттар салынды, олардың ішінде ратуша ерекшеленді — салынған кезде ол бүкіл Бельгиялық Конгодағы ең биік ғимарат болып саналды. Экономика өзен саудасына және кең экваторлық аймақтың табиғи ресурстарын басқаруға бағытталды. Мбандаканың мәдени өмірі еуропалық дәстүрлердің де, жергілікті халықтардың, ең алдымен монго халқының әдет-ғұрыптарының ықпалымен қалыптасты, бұл бірегей мәдени мұраны тудырды.