Иранның ең айбынды қалаларының бірі болып табылатын Исфаханның тарихы тым тереңде жатыр. Археологиялық олжалар бұл құнарлы жердегі қоныстардың палеолит дәуірінде-ақ болғанын айғақтайды. Қала туралы алғашқы маңызды мәліметтер сол кезде Аспадана деген атпен белгілі болған Мидия патшалығы мен Ахеменидтер империясы заманына жатады. Исламға дейінгі кезеңде, әсіресе Сасанидтер әулеті тұсында қала маңызды әскери мәнге ие болды, бұл оның «Спахан» (көне парсы тілінен spāda — әскер) атауынан көрініс тапты, ол уақыт өте келе қазіргі «Исфахан» болып өзгерді.
Исфахан өзінің өсуі мен гүлденуіне бірнеше факторлардың бірегей үйлесіміне қарыздар. Біріншіден, бұл Зайенде өзенінің құнарлы аңғарындағы қолайлы географиялық орналасуы, бұл оны Иран таулы үстіртінің орталығындағы гүлденген оазиске айналдырды. Екіншіден, қала Ұлы Жібек жолының тармақтарын қоса алғанда, негізгі сауда жолдарының қиылысында орналасты, бұл оның экономикалық дамуына және жанданған коммерция орталығына айналуына ықпал етті. Үшіншіден, саяси ерік шешуші рөл атқарды: XI ғасырда Исфахан қуатты Салжұқтар империясының астанасы болды, ал өзінің ең жоғарғы гүлдену шыңына XVI ғасырдың соңында, Ұлы I Аббас шах Сефевидтер мемлекетінің астанасын осында көшіргенде жетті.
Сефевидтер тұсындағы өзінің «алтын ғасырына» дейін де Исфахан мәдениет пен қолөнердің танымал орталығы болған еді. XI-XII ғасырларда, салжұқтардың астанасы болған кезде қала айтарлықтай өсті, мұнда белсенді құрылыс жүргізілді және дәл осы кезеңде әйгілі ғалым әрі философ Авиценна Исфаханда тұрып, дәріс берді. Сол кездің өзінде қала өз шеберлерімен танымал болды, сәулет өнері мен ғылым дамыды. Бұл ерте жетістіктер Исфаханның болашақта парсылар мақтанышпен «Несф-е Жахан» — «Әлемнің жартысы» деп атаған әлемдегі ең әдемі қалалардың біріне айналуына берік негіз қалады.