Пематангсиантардың тарихы батак-сималунгун халқының мәдениетімен және Индонезияның колониялық өткенімен тығыз байланысты. Қала көне патшалықтың астанасынан Солтүстік Суматраның маңызды экономикалық орталығына дейінгі жолдан өтті.
Бастапқыда Пематангсиантар Сиантар патшалығының астанасы болды — бұл билік Даманик әулетіне тиесілі болған сималунгун халқының бірнеше патшалығының бірі. Қаланың негізі қаланған нақты күні белгісіз, өйткені ол жергілікті билеушінің (раджаның) резиденциясы ретінде дамыды. Ал «Сиантар» аймағы туралы алғашқы жазбаша деректер XIX ғасырдың басына жатады, ол кезде британдық зерттеушілер жергілікті княздіктерді сипаттаған болатын.
Қала тарихындағы бетбұрыс кезеңі XX ғасырдың басы болды, ол кезде аймақ голландиялық колониялық әкімшіліктің бақылауына өтті. Құнарлы жерлердің әлеуетін жоғары бағалаған голландықтар мұнда каучук, шай және пальма майы плантацияларын белсенді түрде дамыта бастады. 1907 жылы Пематангсиантар әкімшілік орталыққа айналды, ал 1917 жылы муниципалитет (gemeente) мәртебесін алды, бұл оның дамуын жеделдетті. Қаланы ірі Медан портымен байланыстыратын жолдардың құрылысы оны маңызды сауда торабына айналдырды.
Колонияға дейінгі кезеңде қала мәдениеті толығымен сималунгун халқының дәстүрлеріне негізделген еді, алайда голландықтардың келуімен және плантациялық шаруашылықтың дамуымен экономикалық және әлеуметтік ландшафт өзгерді. Плантацияларда жұмыс істеу үшін басқа аймақтардан, атап айтқанда Ява аралынан жұмыс күші тартылды, бұл Пематангсиантарды көпұлтты қалаға айналдырды. Бұрын жергілікті ауыл шаруашылығына бағытталған экономика экспорттық тауарлар өндірісіне ауысты, бұл қаланың өсуі мен жаңғыруына ықпал етті.