Калбайог тарихы XVII ғасырдың басынан бастау алады. Бастапқыда бұл аумақта, өзен жағасында Тиайбан (Tiayban) деген атпен белгілі шағын елді мекен болған. Болашақ қаланың қалыптасуында христиандықты тарату және жаңа қауымдастықтардың негізін қалау үшін Самар аралына келген иезуит миссионерлері маңызды рөл атқарды.
Калбайогтың әкімшілік бірлік ретінде қалыптасуы біртүндер жүрді. Ұзақ уақыт бойы ол көрші Капуль миссиясына бекітілген тәуелді елді мекен болып қалды. Тек XVIII ғасырдың соңына қарай, 1785 жылы Калбайог дербес приход мәртебесіне ие болды, бұл оның одан әрі өсуі мен дамуының бастапқы нүктесі болды.
Шағын елді мекеннің маңызды қалалық орталыққа айналуы бірнеше стратегиялық факторларға байланысты болды. Самар аралының батыс жағалауында орналасуы теңізге ыңғайлы шығуды қамтамасыз етті, ал өзен желісі ішкі байланысқа ықпал етті. XIX ғасырда абакаға (Манила кендіріне) жоғары әлемдік сұраныстың арқасында аймақ нағыз экономикалық серпілісті бастан кешірді. Порттың дамуы Калбайогқа Самардың басты сауда қақпасына айналуға мүмкіндік берді, ол арқылы тауарлар Манилаға және көрші аралдарға жөнелтілді.
Қаланың атауы жергілікті аңыздармен көмкерілген. Ең танымал нұсқа бойынша, ол испан отаршылары мен жергілікті тұрғын арасындағы түсініспеушіліктен туындаған. Орынның атауы туралы сұраққа тұрғын өзінің кәсібі туралы сұрап жатыр деп ойлап, «naga-bayog» (байог ағашының сүрегін ағызып жатырмын) деп жауап берген. Уақыт өте келе бұл сөз тіркесі қаланың қазіргі атауына айналды. Сол кездегі экономика ауыл шаруашылығы мен теңіз кәсіпшілігінің үйлесімді байланысына негізделген, бұл Калбайогтың өзіндік сауда бейнесін қалыптастырды.