Қазіргі Пуконның тарихы 1883 жылғы 27 ақпаннан бастау алады. Қала Араукания аймағын Чили мемлекетінің құрамына біріктіру процесі кезінде стратегиялық форпост реәтінде қаланды. Елді мекеннің негізін қалаушы полковник Грегорио Уррутия болып саналады, ол бұл жерді шекаралас аумақтардың қауіпсіздігі мен бақылауын қамтамасыз етуге арналған бекініс пунктін құру үшін таңдаған.
Шағын әскери бекіністің гүлденген қалаға айналуына географиялық және экономикалық факторлардың бірегей үйлесімі ықпал етті. Вильяррика көлінің шығыс жағалауында, аттас жанартаудың етегінде орналасуы тұщы суға және құнарлы жерлерге қолжетімділікті қамтамасыз етті. Сонымен қатар, Пукон Чилиді Аргентинамен байланыстыратын Анд тауларының өткелдеріне баратын жолдағы маңызды көлік торабына айналды, ал айналадағы қалың ормандар ағаш өңдеу өнеркәсібін дамытуға мүмкіндік берді.
Өзінің алғашқы онжылдықтарында Пукон орман дайындау және мал шаруашылығы орталығы ретінде дамыды. Қаланың мәдени кодын қалыптастыруда еуропалық қоныс аударушылар, әсіресе Германиядан келгендер маңызды рөл атқарды. Олардың ықпалы әлі күнге дейін жергілікті сәулетте, дәстүрлер мен гастрономияда анық байқалады.
1930-шы жылдардың өзінде-ақ аймақтың туристік әлеуеті ашыла бастады. Мемлекеттік теміржол компаниясының әйгілі Гран-отель Пуконды салуы қаланы өнеркәсіп орталығынан бүгінде Чилидің «шытырман оқиғалы туризм астанасы» деп аталатын беделді демалыс орнына айналдырған бетбұрыс кезеңі болды.