Карапикуибаның тарихы Бразилияның отаршылдық өткенімен тығыз байланысты. Елді мекеннің негізі қаланған ресми күн 1580 жылғы 12 қазан болып саналады. Ол иезуит миссионерлерінің жетекшілігімен әкей Жозе ди Аншиетаның байырғы халықты христиандандыру және оларды құлдықтан қорғау үшін құрған он екі ауылдың (алдея) бірі ретінде пайда болды. Айта кетерлігі, осы елді мекендердің ішінен тек Алдея-де-Карапикуиба ғана біздің күндерімізге дейін сақталған, бұл көбінесе сол кездегі оның жетуге қиындығына байланысты болды.
Қаланың қалыптасуының негізгі факторы оның географиялық орналасуы мен құнарлы жерлері болды. Бастапқыда бұл аумақ иезуиттердің басқаруымен байырғы халықтарды орналастыру үшін берілген болатын. Алғашқы тұрғындары гуаянаси халқының өкілдері болды, олар бандейранттардың шапқыншылығынан қашқан басқа тайпаларға да пана берді. Карапикуибаның саяси мәртебесі бірнеше рет өзгерді: әртүрлі уақытта ол Котия мен Баруэридің құрамында болды, 1965 жылы дербес муниципалитет мәртебесін алғанға дейін. Қаланың өсуіне иммиграция толқындары да септігін тигізді: алдымен Италия мен Жапониядан, ал Екінші дүниежүзілік соғыстан кейін — Ресейден, Польшадан және Украинадан келгендер.
Бастапқыдан бастап аймақ экономикасы ауыл шаруашылығына негізделді. Қолайлы климат пен құнарлы топырақ дәнді дақылдарды, көкөністерді және тіпті еуропалық каштанды өсіруге өте қолайлы болды. Қаланың мәдени өзегі — 1940 жылы ұлттық қазына деп танылған Алдея-де-Карапикуиба тарихи орталығы. Мұнда отаршылдық дәуірдің құрылыстары, соның ішінде 1736 жылы салынған шіркеу және бүгінде үндістердің артефактілері мен мүсіндерінің коллекциясы жинақталған Мәдениет үйі орналасқан үйлер сақталған.