Мейсон-Сити тарихы 1853 жылдан, алғашқы қоныстанушылар Уиннебейго және Уиллоу-Крик өзендерінің түйіскен жеріне тұрақтаған кезден бастау алады. Бастапқыда бұл жер Шибболет (Shibboleth) деген атпен, ал сәл кейінірек — Мейсоник-Гроув (Masonic Grove) деген атпен белгілі болды.
Қала өзінің қазіргі атауын 1855 жылы алды. Атау масондық орденнің (Freemasonry) құрметіне таңдалды, өйткені қаланың негізін қалаушы аталардың көбі оның мүшелері болған. Бұл — елді мекеннің дамуының ерте кезеңінде нақты қоғамдық ұйымның ықпалын тікелей көрсететін топонимнің сирек мысалы.
Шағын елді мекеннің маңызды аймақтық орталыққа айналуы бірнеше факторлардың үйлесуіне байланысты болды:
- География және ресурстар: Өзен бойында орналасу алғашқы диірмендер мен ағаш тілу орындары үшін энергия берді. Сонымен қатар, айналадан әктас пен саздың бай кен орындары табылды, бұл кейіннен қаланы цемент және кірпіш өндірісінің орталығына айналдырды.
- Саяси билік: Қала тарихындағы шешуші сәт Серро-Гордо округінің әкімшілік орталығы мәртебесі үшін күрес болды. 1850-ші жылдардың соңында Мейсон-Сити бұл құқықты бәсекелестерінен жеңіп алды, бұл адамдардың келуіне және инфрақұрылымның дамуына кепілдік берді.
- Көлік торабы: Темір жолдар сәл кейінірек келгенімен, қаланың географиялық орналасуы оны Солтүстік Айова фермерлері үшін табиғи сауда жол торабына айналдырды.
Алғашқы жылдары Мейсон-Сити экономикасы ауыл шаруашылығына және ізашарлардың қажеттіліктерін өтейтін саудаға сүйенді. Қала тез арада айналадағы фермалар үшін жергілікті өткізу нарығына айналды.
Ерте кезеңдегі мәдени өмір фронтирге тән қоғамдық институттардың айналасында қалыптасты, бірақ негізін қалаушылар әкелген ұйымшылдық пен тәртіптің айтарлықтай ықпалы болды. Әкімшілік орталық мәртебесі заң кеңселерінің, банктердің және газеттердің пайда болуына ықпал етіп, болашақ өркендеудің негізін қалады.