История Мата-Уту неразрывно связана с историей всего острова Увеа, который, по данным археологов, был заселен полинезийцами между 1000 и 1500 годами нашей эры. Примерно к XV веку остров оказался под влиянием Тонганской империи, что привело к формированию местного королевства Увеа. Именно в этот период Мата-Уту начал формироваться как главный населенный пункт и политический центр острова, где располагалась резиденция традиционных правителей.
Ключевым фактором в становлении современного облика Мата-Уту стало прибытие французских католических миссионеров в 1837 году. Их деятельность привела к быстрой христианизации населения и значительному культурному сдвигу. Политическое значение города укрепилось в 1887 году, когда королева Увеа подписала договор о протекторате с Францией, превратив Мата-Уту в административный центр новой территории. Развитие города как порта и центра управления было обусловлено его удобным расположением на восточном побережье острова Увеа.
С ранних лет экономика Мата-Уту и прилегающих территорий основывалась на традиционном сельском хозяйстве, включая выращивание ямса, бананов, и на рыболовстве. Культурная жизнь города отражает уникальный синтез полинезийских традиций и католицизма. Символами этого слияния и двойной власти — традиционной и религиозной — стали главные достопримечательности города: Королевский дворец, резиденция монарха Увеа, и расположенный напротив него монументальный Кафедральный собор Успения Пресвятой Богородицы.